Với mục tiêu giáo dục toàn diện, bên cạnh việc thực hiện nhiệm vụ giảng dạy giáo dục thể chất trong giờ chính khóa theo đúng quy định của Bộ Giáo dục & Đào tạo, những năm qua, Ban giám hiệu trường THCS Liên Ninh luôn dành sự quan tâm đặc biệt tới công tác phát triển phong trào thể dục thể thao, rèn luyện thể chất, nâng cao thể lực cho học sinh. Bên cạnh đó, nhà trường cũng xây dựng nhiều câu lạc bộ thể thao, thu hút đông đảo các con học sinh tham gia luyện tập thường xuyên như: bóng rổ, võ thuật, cờ vua, cầu lông... Bên cạnh ý nghĩa rèn luyện sức khỏe, tăng cường hoạt động thể chất, việc tổ chức các câu lạc bộ ngoại khóa còn giúp cho các con phát triển cả về mặt tinh thần để học tập tốt hơn. Mặt khác, việc tham gia câu lạc bộ thể thao còn là cơ hội thuận lợi để các con có cơ hội giao lưu, học hỏi lẫn nhau, nâng cao tinh thần đoàn kết, rèn luyện thói quen hợp lực và tư duy cùng thắng.
Phát biểu khai mạc đồng chí Nguyễn Thị Minh Thảo - Hiệu trưởng nhà trường đã nhấn mạnh: "Cái quý giá nhất của mỗi con người là sức khỏe và trí tuệ, một người có sức khỏe thì có 100 điều ước còn người không có sức khỏe thì chỉ có điều ước duy nhất là sức khỏe. Như lời Chủ tịch Hồ Chí Minh đã nói: Mỗi một người dân yếu ớt, tức là làm cho cả nước yếu ớt một phần, mỗi một người dân mạnh khỏe là góp phần cho cả nước mạnh khỏe". Thực hiện theo lời dạy của Người, trong những năm qua trường THCS Liên Ninh luôn đẩy mạnh các phong trào hoạt động thể dục thể thao. Tại các Đại hội TDTT hằng năm, đội tuyển của nhà trường đã mang về nhiều thành tích cao, góp phần không nhỏ vào thành tích chung của nhà trường.
Hội khoẻ Phù Đổng của trường THCS Liên Ninh dành cho tất cả các khối lớp, tập hợp đông đảo lực lượng vận động viên nhí của nhà trường tham gia thi đấu. Đây là cơ sở cho nhà trường tuyển chọn những học sinh giàu tiềm năng vào đội tuyển và tiếp tục bồi dưỡng để tham gia các giải đấu thể thao trong và ngoài trường.