Trường THCS Liên Ninh thuộc thôn Yên Phú, xã Liên Ninh, huyện Thanh Trì. Trường nằm phía Nam huyện Thanh Trì, cửa ngõ của Thủ đô Hà Nội. Phía Đông giáp xã Đông Mỹ, Ngũ Hiệp, phía Tây giáp xã Đại Áng, phía Bắc giáp xã Ngọc Hồi huyện Thanh Trì, phía Nam giáp xã Duyên Thái huyện Thường Tín.
Trường được thành lập tháng 3/1961, ban đầu là trường chung của hai cấp học có tên gọi “Trường cấp 1, 2 Liên Ninh”.
Năm 1986 tách riêng hai cấp học song vẫn chung cơ sở vật chất.
Năm 2010, trường về cơ sở mới và được công nhận trường chuẩn Quốc gia mức độ 1, được công nhận lại năm 2016, 2022.
Năm 2020, trường được đầu tư xây dựng thêm một dãy phòng học mới, khung cảnh nhà trường luôn Xanh – Sạch – Đẹp, khang trang, hiện đại.
Trong hơn 60 năm qua, các thế hệ CB, GV, NV THCS Liên Ninh luôn đoàn kết, sáng tạo vượt khó, hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao; tự hào là mái trường có bề dày thành tích và những danh hiệu cao quý.